Das Spiel wurde 2003 für den Game Boy Advance veröffentlicht und ist jetzt mit verbesserter Grafik und neuen Inhalten auf 3DS erschienen. Pokémon-typisch gibt es zwei Editionen, in diesem Fall “Alpha Saphir” und “Omega Rubin”.
Der Spieler kann eine Reise durch die Hoenn-Region machen, in der zwei große Organisationen mit gegensätzlichen Zielen in eine erbitterte Rivalität verstrickt sind: Team Aqua und Team Magma. Team Aqua will den Meeresspiegel anheben, während Team Magma die Landmasse der Hoenn-Region zu erweitern beabsichtigt. In Pokémon Alpha Saphir ist Team Aqua stärker, und in Pokémon Omega Rubin hat Team Magma die Oberhand.
Die Geschichte beginnt mit dem Umzug nach Wurzelheim: Dort kannst der Spieler eines von drei Pokémon als ersten Partner aussuchen. Jedes Pokémon gehört zu einem bestimmten Typ. Es ist wichtig, die Pokémon fürsorglich aufzuziehen, wenn man einen mächtigen Partner an seiner Seite haben möchte – unter den richtigen Bedingungen kann ihnen dann eine besondere Entwicklung zur Verfügung stehen, mit der sie noch größere Kräfte erlangen können.
Aber der Spieler ist nicht alleine in der Hoenn-Region, denn es gibt noch viele andere Pokémon-Trainer. Und sie alle wollen die Besten der Besten werden. Der Spieler muss alle Arenaleiter besiegen, und so die Orden der Arenen verdienen. Wer alle acht gesammelt hat, kann in der Pokémon-Liga antreten, wo der Spieler die Top Vier, und dann den Champ höchstpersönlich herausfordern kann.
Mit anderen Spielern verbinden
Im Lauf seiner Reise kann der Spieler seine ganz eigene Super-Geheimbasis errichten und kann sich mit anderen Spielern auf der ganzen Welt verbinden, um Super-Geheimbasen zu teilen. Wer auf Geheimbasenbesitzer trifft, die er mag, kann sie zu seinen Geheim-Freunden hinzufügen. Geheim-Freunde können ‘Spezialfähigkeiten’ einsetzen, um sich bei einem Abenteuer zu unterstützen. Spieler können sich auch online unter Beweis stellen und zu Kämpfen gegen andere Trainer antreten, entweder 2-gegen-2 oder 3-gegen-3 antreten.
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Der Spieler elebt ein spannendes Abenteuer in der großen, weitläufigen Pokémon-Welt. Er muss dabei Pokémon fangen, sammeln, trainieren und mit ihnen Wettkämpfe bestehen.

In Online-Turnieren verbinden sich die Spieler miteinander und lassen ihre trainierten Pokémon kämpfen. Die Spieler können in Team gemeinsam spielen oder im gegenseitigen Wettkampf antreten.