In diesem Spiel übernimmt der Spieler die Kontrolle über Mario, der sich auf eine neue Abenteuerreise begibt, um Prinzessin Peach zu retten und das Geheimnis des Äonentors zu lüften. Die Geschichte beginnt damit, dass Mario einen Brief von Prinzessin Peach erhält, in dem sie ihn bittet, nach Rohlingen zu kommen, einer kleinen Hafenstadt. Dort angekommen, erfährt Mario, dass Peach entführt wurde, als sie auf der Suche nach dem legendären Schatz war, der sich hinter dem Äonentor befinden soll.

Das Spiel hat eine besondere Optik, da die Charaktere und Umgebungen wie aus Papier bestehen. Dies wird auch spielerisch genutzt, indem Mario verschiedene papierbasierte Fähigkeiten einsetzt, um Rätsel zu lösen und Hindernisse zu überwinden. Zum Beispiel kann er sich zu einem Papierflieger zusammenfalten, um über Abgründe zu gleiten, oder sich zu einem Papierboot verwandeln, um Wasserflächen zu überqueren.

Gekämpft wird nicht in klassischer Mario-Manier, indem wir Gegner auf den Kopf hüpfen oder sie mit einem Manöver aus dem Weg räumen. Stattdessen sind in den Konfrontationen Strategie und Taktik gefragt: Mario kämpft gegen verschiedene Gegner in einem rundenbasierten Kampfsystem. Das Kampfsystem ist dynamisch und beinhaltet Timing-basierte Aktionen, um Angriffe zu verstärken oder sich zu verteidigen.

Das Spiel kann nur alleine gespielt werden und versteht sich als eher anspruchsvolles Abenteuer, für das es Köpfchen und mehr Geduld braucht als in anderen „Super Mario“-Spielen. Was der Spieler tun muss, wird in Textboxen erklärt – dafür braucht es sehr gute Lesefähigkeiten.